Vědec zaznamenal základní chybu tohoto chromozomu. Na rozdíl od jiných skupin genů není obsažen v lidských buňkách jako pár, ale jako jediný exemplář.

Y-chromozom proto není vystaven genetické rekombinaci (míchání genů), ke které dochází v každé nové generaci a která způsobuje likvidaci mutací poškozujících geny.

Soubor genů formujících mužské pohlaví kvůli tomu po čase degeneruje a vůbec z genomu mizí.

Nejnovější výzkumy ale ukázaly, že chromozom produkuje mechanismy na zabrzdění tohoto procesu. Dánští vědci například zjistili, že v Y-chromozomu probíhá aktivní amplifikace, což znamená, že vzniká několika kopií genů, jež mají na starosti fungování mužských pohlavních orgánů.

Navíc se degenerace zpomaluje neobvyklými strukturami „palindromy," což je následnost nukleotidů, které se dají číst stejně v obou směrech. V případě poškození genu se obnovuje „kopírováním" informací ze zachovalé půlky.

V článku se praví, že dokonce v případě naprostého zmizení Y-chromozomu se gen SRY dokáže přemístit na jiný chromozom.